该片讲述忍者神龟四兄弟远离人类世界多年之后,决定主动出击,希望能够靠着他们的英勇事迹赢得纽约客的心,并且获得他们的接纳,成为正常的青少年。他们的新朋友艾波欧尼尔也协助他们试图扳倒一个神秘的犯罪集团,但是当对方派出一支变种军团,他们很快就发现他们根本就是自不量力……电影中,不光深海霸主巨齿鲨战斗力升级,怪兽巨型章鱼和两栖猎龙的加入也让这次深海冒险更加危机重重。敏捷凶猛的两栖猎龙,攻击速度极快。不仅可以在海里灵活游动,还能在陆地上快速移动,对杰森·斯坦森和吴京带领的深海小队展开全方位袭击,危机不断加码。巨型章鱼与吴京在深海的缠斗,也让人紧张得屏住呼吸……